圣经教导我们：灵魂是非形体的实质存在，不像物质受空间的限制，然而灵魂是住在身体之内，身体是其居所。灵魂赋予身体各部分活力，使各器官组织发挥功用。灵魂居首位管理人的生活，使人尽其地上生活的本分，同时也召唤人荣耀上帝（太 22:37-40）。虽然人犯罪堕落在败坏状态中，看不出他的心灵在提醒他荣耀神，然而即使人的罪也无法完全抹杀心灵的功能。
人们为何有羞恶之心，看重自己的名誉呢 ? 羞耻岂不是来自关切尊荣么 ? 人有是非荣辱之心，因为知道自己生来应该培育仁义，敬虔的种子是深埋在其中。毫无疑问，人企盼永恒，人被造时有永远的观念在其心中（传 3:11），默想属天的生活。这是深刻在人的灵魂里。人若不知何为恒久的喜乐，则他的理性失去了功用。人的极乐是与上帝联合，人心深处企盼永恒，这是灵魂的主要运作。所以，人越想亲近上帝，他就越证明自己拥有天赋的理性。
关于灵魂的功能，世俗思想家认为人有五种感官来认知，按照“常识”收纳事物的资料，再运用“想像”将事物分门别类；然后以“理智”作普遍的判断，最后用“悟性”将理智考虑的，加以默想整理。此外，他们还对情感、欲望、意志等功能加以复杂的分析。然而这些是罪人对自己的观察与分析，对心理功能现象加以区分罢了。他们将灵魂在堕落前的状态，与在堕落后的状态，混为一谈。我们必须远离这世俗看法。
我们只须简明指出：人的灵魂有两大功能，悟性与意志。悟性的功用是认识与区分事物，肯定对的与否定错的。意志是选择与跟随悟性所判断为美善的，拒绝与避开悟性所反对的。悟性是灵魂的领导与管理，意志总是留意悟性的指挥，想要等候悟性的判断。总之，悟性是坚定的管理意志的导向。灵魂所有的能力都是在这二者之下，一般人所说的欲望，其实是在意志之内。
上帝赋予人的灵魂有心智，藉以分别是非善恶；用理智的亮光作引导，区分何为应当遵行、何为应当避免的。因此，他又赐给人意志作为选择的依据。人在当初被造时，上帝赋予他这些优越杰出的恩赐，使他的理智、悟性、智慧、判断，足以作为他在地上生活的引导，使他藉着这些可以亲近神，得着永远的福。然后，又加上意志的选择，来引导欲望与管理一切身体器官的运作，这样使得意志完全服从理智的引导。人在此状态，藉其自由意志有能力，能按照其选择得着永生。这是当初的人性，如果亚当愿意，他可以站立得稳。他的跌倒堕落，是出于自己的意愿。这是因为他的意志有能力，可以向左或向右；然而他没有持守到底的恒定性，所以如此轻易的堕落了。但是在当时，他向善或向恶的选择是由自的，不仅如此，他的心智与意志都是全然正直的。而且他全身官能都是正当运作，听从指挥，直到他毁灭自己、沦丧原有的恩福。
亚当犯罪堕落后，被罪捆绑奴役，失去原先的自由意志。人类是亚当的后裔，都从他承袭了堕落的罪性。所以世人都在堕落的光景中，与亚当堕落之前的状态是天渊之别。上帝造人原是正直，如今人心却比万物都诡诈（传 7:29；耶 17:9）。因为人被造时的悟性与意志都是优越且正直的，所以亚当选择犯罪非因脆弱。或有人说：上帝应该创造一不能或不愿选择犯罪的人，则这是无理的限制上帝自由的主权。
为何上帝不赐给人坚忍到底的恒定意志，这是他隐密的旨意，我们无法得知，也无权过问（申 29:29）。上帝的确赐给亚当有能力作向善选择。假如亚当选择使用此向善能力，他就能站立得稳、坚忍到底。亚当是无可推诿的，却自愿选择犯罪毁灭自己。上帝没有义务在创造之初给予亚当一不能犯罪的自由意志。他所给予亚当的，是可能犯罪、可能不犯罪的意志，此意志是出发点的美善，并非终点的完美。人的堕落显示出：人的意志若不倚靠上帝，则必跌倒堕落。这也见证彰显上帝的荣耀（罗 11:36）。